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+# snakeflow
+Mis flujos de trabajo de NGS basados en snakemake
+
+**los flujos de trabajo incluyen**:
+- RNA-seq (Salmon, hisat2)
+- ChIP-seq (MACS2)
+- ATAC-seq (MACS2)
+- CITE-seq (Antibody captured, 10X genomics)
+- Llamada de SNV germinal (GATK, BCFtools)
+- Llamada de Variantes Estructurales germinales
+    - lecturas cortas: Speedseq + svtools
+    - lecturas largas:
+        - Pacbio: ngmlr/minimap2 + sniffiles
+
+
+## Dependencia
+
+* General
+  - samtools, deeptools, bedtools
+  - fastqc, rseqc, multiqc, fastp
+  - graphviz
+
+* python 3
+  - numpy
+  - pandas
+  - snakemake
+  - matplotlib
+  - seaborn
+  - gseapy
+  - macs2
+  - rseqc
+
+* R
+  - DESeq2
+  - tximport
+  - readr
+  - pheatmap
+  - ggplot2
+  - ggrepel
+  - clusterProfiler
+  - ChIPSeeker
+  - EnsDb.Hsapiens.v86
+
+
+* Llamada de variantes
+  - GATK (> 4.0)
+  - BCFtools
+  - Speedseq + svtools
+  - minimap2
+  - ngmlr
+  - sniffiles
+
+* RNA-seq
+  - hisat2, salmon
+  - rMATS-turbo, rmats2sashimiplot
+
+* Genómica de célula única
+ - cellranger
+
+## Instalación
+
+### Configurar el entorno de ejecución. Este archivo de configuración creará un entorno python 3.x.
+
+    bash snakeflow-enviroment-setup.sh
+
+## uso
+
+    # Paso 1: activar snakemake
+    source activate snakeflow
+
+    # Paso 2: clonar este repositorio
+
+    # Paso 3: copiar todos tus archivos fastq al directorio fastq
+    find . -name "*fastq.gz" | while read id; do cp $id fastq/; done;
+
+    # Paso 4: modificar config.yml con tus propios parámetros
+    # Nota: coloca config.yml en el mismo directorio que tu snakefile.
+    vim  config.yml
+
+    # Paso 5: ejecutar snakemake con la opción -np. Esto prueba que tus ``comandos`` se ejecutan sin errores.
+    snakemake -s salmon-tximport-deseq2-v0.2.snakefile -np
+
+    # Paso 6: exportar los diagramas del flujo de trabajo
+    snakemake -s salmon-tximport-deseq2-v0.2.snakefile --dag | dot -Tpdf > dag.pdf
+
+    # Paso 7: o usando el entorno predeterminado de snakemake que creaste anteriormente.
+    snakemake -s salmon-tximport-deseq2-v0.1.snakefile -p -j 8