【Hackathon 10th Spring No.51】Apply yaml-cpp GCC 15 compatibility patch - part 5

[gouzil]

PR Category

Environment Adaptation

PR Types

Devs

Description

• 解决 gcc 15 编译问题
• 为什么不更新 yaml-cpp 可以看一下 【Hackathon 10th Spring No.51】[ThirdParty] Bump yaml-cpp version to 0.9.0 - part 4 #79229，看起来是 yaml-cpp 的 bug 所以先打 patch，后续再更新

相关链接：

• yaml-cpp-0.8.0 fails due to missing missing include <cstdint> with gcc-5.0.0_pre20240804 snapshot jbeder/yaml-cpp#1307
• https://gcc.gnu.org/cgit/gcc/commit/?id=3a817a4a5a6d94da9127af3be9f84a74e3076ee2
• https://gcc.gnu.org/pipermail/gcc-cvs/2024-August/407124.html
• 【Hackathon 10th Spring No.51】[ThirdParty] Bump yaml-cpp version to 0.9.0 - part 4 #79229

是否引起精度变化

否

[Copilot]

Pull request overview

This PR applies a minimal downstream patch to the vendored yaml-cpp submodule to address GCC 15 compilation issues, by ensuring required fixed-width integer types are available during compilation. The patch is wired into Paddle’s third-party build via ExternalProject_Add() so it is automatically applied during dependency preparation.

Changes:

• Add a yaml-cpp patch that includes <cstdint> in src/emitterutils.cpp (GCC 15 compatibility).
• Update the yaml-cpp external CMake build to apply the patch during the PATCH_COMMAND step.

Reviewed changes

Copilot reviewed 2 out of 2 changed files in this pull request and generated no comments.

File	Description
patches/yaml-cpp/emitterutils.cpp.patch	Introduces a small upstream-style patch adding <cstdint> include to fix GCC 15 build issues.
cmake/external/yaml.cmake	Adds a PATCH_COMMAND to automatically apply the yaml-cpp patch during the external project build.

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[PaddlePaddle-bot]

🤖 Paddle-CI-Agent | pr_review | 2026-06-03 23:32:24

📋 Review 摘要

PR 概述：为 yaml-cpp 应用 GCC 15 兼容性补丁，在 emitterutils.cpp 中添加 #include <cstdint>
变更范围：cmake/external/、patches/yaml-cpp/
影响面 Tag：Build

问题

未发现阻塞性问题。PR 规范问题在下面章节报，不要在这里重复。

补充说明（可维护性 P2）：YAML_PATCH_COMMAND 使用 git checkout -- . 重置 yaml-cpp 工作目录后再 apply 本补丁。若后续需添加第二个 patch 文件，必须将新 patch 命令追加到同一条指令链（git apply patch1 && git apply patch2），否则 git checkout -- . 会在第二个 patch 执行前清除第一个 patch 的效果。建议在注释中明确说明此约束，以降低未来维护风险。

📝 PR 规范检查

标题使用了 Hackathon 任务编号前缀，缺少 Paddle 标准 [Tag] 格式，建议修改为如下形式：

标题建议（可直接复制）：

• [Build] Apply yaml-cpp GCC 15 compatibility patch (Hackathon 10th Spring No.51 - part 5)

PR 描述建议（点击展开，可直接复制）

### PR Category
Environment Adaptation

### PR Types
Devs

### Description
为 yaml-cpp 添加 GCC 15 兼容性补丁：在 `src/emitterutils.cpp` 中补充 `#include <cstdint>` 头文件。

GCC 15 移除了部分隐式传递的标准头文件包含（见 gcc commit 3a817a4），导致 `uint8_t` 等类型不再通过其他头文件间接可用，编译报错。由于 yaml-cpp 上游尚未修复该问题（见 yaml-cpp#1307），暂以补丁方式解决，后续待上游更新后移除。

相关链接：
- https://github.com/jbeder/yaml-cpp/issues/1307
- https://gcc.gnu.org/cgit/gcc/commit/?id=3a817a4a5a6d94da9127af3be9f84a74e3076ee2
- PaddlePaddle/Paddle#79229

### 是否引起精度变化
否

总体评价

变更精简正确，#include <cstdint> 修复符合 GCC 15 标准变更预期，CMake patch 机制通过 git checkout -- . 保证幂等性。建议在注释中记录多 patch 场景的维护约束，并修正 PR 标题格式。

[ShigureNyako]

CI triage 一下（head: fb301d72c2725f4fcabf78c513b91a1b5b108364）：

• Windows 相关：CI-Windows 已完成且 overall success；Windows-OPENBLAS / Build and test 和 Windows-GPU / Build and test 都通过。Windows 日志里 extern_yaml 的 patch/configure/build step 均执行成功，未再看到 【Hackathon 10th Spring No.51】[ThirdParty] Bump yaml-cpp version to 0.9.0 - part 4 #79229 里的 YAML_ATTRIBUTE_NO_SANITIZE_ADDRESS / __declspec(no_sanitize_address) / nvcc 相关报错。因此这版保留 yaml-cpp submodule、只打 emitterutils.cpp 的 <cstdint> patch，看起来已避开 【Hackathon 10th Spring No.51】[ThirdParty] Bump yaml-cpp version to 0.9.0 - part 4 #79229 的 Windows/MSVC/nvcc 问题。
• Linux-DCU / Test failure：日志中 test_cdist 多个并发实例 150s timeout；后续 job 内部 rerun 单测本身通过（Passed 79.38 sec），但因 rerun success rate < 50% 仍标 fail。这个现象更像 DCU 单测超时/资源波动，和 yaml-cpp patch 没有直接关联。
• Linux-NPU / Test failure：paddle-custom-npu 已 build 到 100%，在打包 whl 时 import paddle 创建缓存目录失败：FileNotFoundError: [Errno 2] No such file or directory: '/root/.cache/paddle'。这更像 NPU runner/container 的 HOME/cache 环境问题，不是 yaml-cpp 编译失败。
• CI-H / Coverage test failure：test_flashmask_ci.py 大量失败，主因是 libflashmaskv2.so 依赖 nvshmem_bootstrap_uid.so.3 不可加载，另有部分 MemoryError，汇总为 680 failed, 119 passed, 17 skipped。这也和本 PR 的 yaml-cpp patch 不匹配。

当前还有一个 Coverage test 仍在进行中，为避免重复 CI spam，我暂时没有再发 /re-run all-failed。另外 REVIEW_REQUIRED 是 approval 状态，和本次 CI triage 结论分开看。

[PaddlePaddle-bot]

🤖 Paddle-CI-Agent | ci_status_monitor | 2026-06-04 18:22:24

CI报告基于以下代码生成（30分钟更新一次）:
PR commit: fb301d7 | Merge base: 4f3edc9 (branch: develop)

---

1 Required任务 : 76/77 通过

总执行（rerun次数）	总任务	✅ 通过	❌ 失败	⏳ 运行中	⏸️ 等待中	跳过
138(60)	78	76	1	0	0	1

任务	错误类型	置信度	日志
Coverage test	环境问题：FlashMask CI 缺少 NVSHMEM 依赖	高	Job

2 失败详情

🔴 Coverage test — 环境问题（置信度: 高）

失败用例:

用例	错误摘要
test_flashmask_ci.py::test_flashmask 等 680 个参数化用例	libflashmaskv2.so 依赖的 nvshmem_bootstrap_uid.so.3 缺失；部分大 shape 用例同时出现 MemoryError

关键日志:

RuntimeError: (PreconditionNotMet) The third-party dynamic library (libflashmaskv2.so)
that Paddle depends on is not configured correctly.
(error code is nvshmem_bootstrap_uid.so.3: cannot open shared object file: No such file or directory)
FAILED test_flashmask_ci.py::test_flashmask[...] - RuntimeError: (PreconditionNotMet) ...
FAILED test_flashmask_ci.py::test_flashmask[...] - MemoryError:
=========== 680 failed, 119 passed, 17 skipped in 2264.26s (0:37:44) ===========

• 根因摘要: FlashMask CI 运行环境缺少 NVSHMEM 依赖
  test/test_flashmask_ci/test_flashmask_ci.py 调用 paddle.nn.functional.flashmask_attention，运行时加载 libflashmaskv2.so 失败，缺失的是容器/镜像动态库 nvshmem_bootstrap_uid.so.3。PR 仅修改 cmake/external/yaml.cmake 和 yaml-cpp patch 文件，不涉及 FlashMask、CUDA/NVSHMEM 或该测试路径。

修复建议:

1. 环境问题，请 rerun；若复现，请修复 Coverage/FA Test 镜像中的 NVSHMEM 安装或 LD_LIBRARY_PATH 配置，确保 libflashmaskv2.so 可解析 nvshmem_bootstrap_uid.so.3。
2. 对 MemoryError 用例可同步检查该 runner 的 GPU/显存资源是否被占用或不足。

关联变更: 未发现关联；本 PR 变更 cmake/external/yaml.cmake、patches/yaml-cpp/emitterutils.cpp.patch 与 FlashMask 测试无直接代码路径交集。

[ShigureNyako]

/re-run all-failed

[ShigureNyako]

@SigureMo 我重新看了这条稳定失败：

• 【Hackathon 10th Spring No.51】Apply yaml-cpp GCC 15 compatibility patch - part 5 #79233 的失败 job 是 CI-H / Coverage test，失败点在 FA Test 的 test_flashmask_ci.py。
• 关键错误不是 yaml-cpp，也不是 [CI] Upgrade H-Coverage to Python 3.12 #79203 里最后全绿前遇到的 chunks_per_seg ... WITH_NVSHMEM 那个同一报错；这次是 libflashmaskv2.so 运行时加载失败：nvshmem_bootstrap_uid.so.3: cannot open shared object file，最后汇总 680 failed, 119 passed, 17 skipped。
• 对比 [CI] Upgrade H-Coverage to Python 3.12 #79203 已通过的 CI-H run 26753849003 / Coverage test：同一个 ubuntu24-cuda129-py312-dev 镜像下 test_flashmask_ci.py 是 799 passed, 17 skipped。
• 中间进入 develop 的 [Build] Retire DeepEP(GPU) and DeepGemm for non-XPU builds #79170 在 cmake/third_party.cmake 里新增了非 XPU 构建强制 WITH_NVSHMEM=OFF。但 H-Coverage 仍显式传 -DWITH_NVSHMEM=ON，而 FlashMask V3 的 libflashmaskv2.so 仍需要 NVSHMEM runtime，所以这段 override 会让 extern_nvshmem 不进入 third_party 依赖，触发当前稳定失败。

我已单独开修复 PR：#79240。它只移除这段过宽的非 XPU WITH_NVSHMEM=OFF override，保留原有 WITH_GPU + WITH_DISTRIBUTE + sm90 约束，也不恢复 GPU DeepEP。#79233 本身的 yaml-cpp patch 仍看不出和这个 Coverage 失败有直接关系。

[paddle-bot]

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Please wait for the result of CI firstly. See Paddle CI Manual for details.