Buena tarde Raúl, deseo que te encuentres muy bien. Te comparto mi propuesta.
Probé el script varias veces y funcionó muy bien.
-El cuerpo del script es el siguiente:
#!/bin/bash
#genera dos directorios nuevos; el primero llamalo resultados_de_fasqc y el segundo llamado resultados_de_multiqc
#(siempre y cuando te encuentres en el directorio actual)
mkdir -p resultados resultados_multiqc
#Ejecuta la herramienta fastqc sobre todos los archivos .fastq.gz que encuentres en el directorio donde se ejecute este scrip
#y vuarda los resultados en un directorio nuevo llamado resultados
fastqc *.fastq.gz -o resultados
#Luego ejecuta la herramienta multiqc sobre los resultados de fastqc almacenados en el directorio resultados
multiqc resultados -o resultados_multiqc
#Imprime un mensaje que confirme que termino el script
echo "Se generaron los archivos.html exitosamente"
-Finalmente lo ejecuté con el comando nohup y añadí un archivo de salida llamado "comentarios.txt" para almacenar cualquier error y que el script se ejecute sin que se interrumpa el proceso mostrando algún mensaje en pantalla. Considero que esto también es útil para tener un registro de errores:
nohup ./scrip-para-analisis-control-calidad-1.sh > comentarios.txt 2>&1 &
Adicionalmente diseñé un diagrama de flujo del funcionamiento del script.
Buena tarde Raúl, deseo que te encuentres muy bien. Te comparto mi propuesta.
Probé el script varias veces y funcionó muy bien.
-El cuerpo del script es el siguiente:
#!/bin/bash
#genera dos directorios nuevos; el primero llamalo resultados_de_fasqc y el segundo llamado resultados_de_multiqc
#(siempre y cuando te encuentres en el directorio actual)
mkdir -p resultados resultados_multiqc
#Ejecuta la herramienta fastqc sobre todos los archivos .fastq.gz que encuentres en el directorio donde se ejecute este scrip
#y vuarda los resultados en un directorio nuevo llamado resultados
fastqc *.fastq.gz -o resultados
#Luego ejecuta la herramienta multiqc sobre los resultados de fastqc almacenados en el directorio resultados
multiqc resultados -o resultados_multiqc
#Imprime un mensaje que confirme que termino el script
echo "Se generaron los archivos.html exitosamente"
-Finalmente lo ejecuté con el comando nohup y añadí un archivo de salida llamado "comentarios.txt" para almacenar cualquier error y que el script se ejecute sin que se interrumpa el proceso mostrando algún mensaje en pantalla. Considero que esto también es útil para tener un registro de errores:
nohup ./scrip-para-analisis-control-calidad-1.sh > comentarios.txt 2>&1 &
Adicionalmente diseñé un diagrama de flujo del funcionamiento del script.