diff --git a/README.es-ES.md b/README.es-ES.md new file mode 100644 index 0000000..2ad40d7 --- /dev/null +++ b/README.es-ES.md @@ -0,0 +1,87 @@ +# snakeflow +Mis flujos de trabajo de NGS basados en snakemake + +**los flujos de trabajo incluyen**: +- RNA-seq (Salmon, hisat2) +- ChIP-seq (MACS2) +- ATAC-seq (MACS2) +- CITE-seq (Antibody captured, 10X genomics) +- Llamada de SNV germinal (GATK, BCFtools) +- Llamada de Variantes Estructurales germinales + - lecturas cortas: Speedseq + svtools + - lecturas largas: + - Pacbio: ngmlr/minimap2 + sniffiles + + +## Dependencia + +* General + - samtools, deeptools, bedtools + - fastqc, rseqc, multiqc, fastp + - graphviz + +* python 3 + - numpy + - pandas + - snakemake + - matplotlib + - seaborn + - gseapy + - macs2 + - rseqc + +* R + - DESeq2 + - tximport + - readr + - pheatmap + - ggplot2 + - ggrepel + - clusterProfiler + - ChIPSeeker + - EnsDb.Hsapiens.v86 + + +* Llamada de variantes + - GATK (> 4.0) + - BCFtools + - Speedseq + svtools + - minimap2 + - ngmlr + - sniffiles + +* RNA-seq + - hisat2, salmon + - rMATS-turbo, rmats2sashimiplot + +* Genómica de célula única + - cellranger + +## Instalación + +### Configurar el entorno de ejecución. Este archivo de configuración creará un entorno python 3.x. + + bash snakeflow-enviroment-setup.sh + +## uso + + # Paso 1: activar snakemake + source activate snakeflow + + # Paso 2: clonar este repositorio + + # Paso 3: copiar todos tus archivos fastq al directorio fastq + find . -name "*fastq.gz" | while read id; do cp $id fastq/; done; + + # Paso 4: modificar config.yml con tus propios parámetros + # Nota: coloca config.yml en el mismo directorio que tu snakefile. + vim config.yml + + # Paso 5: ejecutar snakemake con la opción -np. Esto prueba que tus ``comandos`` se ejecutan sin errores. + snakemake -s salmon-tximport-deseq2-v0.2.snakefile -np + + # Paso 6: exportar los diagramas del flujo de trabajo + snakemake -s salmon-tximport-deseq2-v0.2.snakefile --dag | dot -Tpdf > dag.pdf + + # Paso 7: o usando el entorno predeterminado de snakemake que creaste anteriormente. + snakemake -s salmon-tximport-deseq2-v0.1.snakefile -p -j 8