adaptive-pulldown/nicksam.h at master · DReichLab/adaptive-pulldown · GitHub

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#include <nicklib.h>
#include "faidx.h"

#ifndef NJPSAM

#define MAXD    100
#define MAXDD   10
#define MAXPOP  299
#define MAXPOPX 300
#define MAXLEN  2000

typedef struct  {
 char *faname ;
 char *alias ;
 char *famask ;
 int lopos ;
 int hipos ;
 int len ;
 int rlen ;
 int mlen ;
 int popnum ;
 int isref ;
 char *regname ;
 char *rstring ;
 char *mstring ;
 faidx_t *fai ;
 faidx_t *faimask ;
} FATYPE ;

typedef struct {
  char qname[MAXLEN] ;
  char pop[MAXLEN] ;
  int ipop ;
  int ilib ;
  int ihdr ;
  int isamp ;
  int flag ;
  int isnean ;
  int isxw ;
  int isancient ;
  int strand ;
  char rname[MAXLEN] ;
  int pos ;
  int mapq ;
  char cigar[MAXLEN];
  char mrname[MAXLEN] ; // null => rname "=" => rname
  int mpos ;
  int isize ;
  int bonenumber ;
  char seq[MAXLEN] ;
  char qual[MAXLEN] ;
  int  iqual[MAXLEN] ;
  int  diff[MAXLEN] ;
  int  readlen ;  // strlen(seq) = strlen(qual)
  char refseq[MAXLEN] ;
  int  posdiff[MAXLEN] ;
  int numposdiff ;
  char lib[MAXLEN] ;
  char samp[MAXLEN] ;
  char rgstring[MAXLEN] ;
  int  rgcat ;
  int mapthresh ;
  int lobasequal ;
  int ispair ;
  int isdup ;
  int rckode ;
  int isfix ;
  int isdel ;
  double pmdscore ;
  char *readbuff ;
  int zz[3] ;
  void *parent ;
} READ  ;

typedef struct {
 char *chrom ;
 int  cpos ;
 int  len  ;
 char *seq ;
 int  *aqual ;
}  AREC ;

typedef struct {
 char refbase ;
 int ipop ;
 int pos ;
 char bases[MAXD] ;
 char base ;
 char last ;
 char next ;
 int sbase ;  // strand for base
 int  qual[MAXD] ;
 int  diff[MAXD] ;
 int strand[MAXD] ;
 double pmd[MAXD] ;
 int  depth ;
 int  bonenumber[MAXD] ;
 int  libnumber[MAXD] ;
 char strandbase[2] ;
 int  mapq[MAXD] ;
 int pickmapq ;
 int pickbonenumber ;
 int pickindex ;
} BASEP ;

typedef struct {
 char refbase ;
 char refnext ;
 char reflast ;
 int  pos ;
 BASEP *bp[MAXPOPX] ;
 int isprocessed ;
} PILEUP ;

typedef struct {
 int lomapthresh ;
 int himapthresh ;
 int quallo ;
 int qualhi ;
 int lobasedepth ;
 int hibasedepth ;
 int skiplength ;
 int ispair ;
 int setthresh ;
 double pmdlo ;
 double pmdhi ;
}  THRESH ;


typedef struct  {
 int mq ;
 int bq ;
 int strand ;
 int  pp ;   // - is 3' end
 int hist[16] ;
 int hsum ;
 int ignore ;
} HIST ;

typedef struct  {
 int mq ;
 int bq ;
 int strand ;
 int  pp ;   // - is 3' end
 double deamin[2] ;
 int ignore ;
// int flag[6] ;
 int hitcount ;
 int hist[16] ;
// double bcprob[16] ;
} HISTS ;


typedef struct  {
 int maxmq ;
 int maxbq ;
 int nump ;
 int isfix ;
 char *sampname  ;
 char *bamname ;
 char  *histname ;
 int bighistlen ;
 double baserate[6] ;
 double basedeamin[6] ;
 char deaminbases[5] ; //  pos 1 -1 strand 0; 1 -1 strand 1  example: C, G, C, G
 int rgcat ;
 HISTS ***bighistlist ;
} HISTINFO ;


typedef struct {
 int kodeindex ;
 long hist ;
 char *string ;
} KINFO  ;

#endif
#define NJPSAM

void clearkh(KINFO *kpt)  ;
void addkhist(int kode, int val)  ;
void addkbhist(int kode, int val)  ;
void printkinfo(KINFO **kh, int len)  ;